Я бы посоветовал внимательно почитать readme к модам. Возможно эта бессмертность фишка одного из них? Маловероятно, но как одна из возможностей.
Другой вариант решения проблемы - всё снести и перепоставить моды.

а что делать с модами, содержащими папки, которые есть в основном каталоге?

Trash, к сожалению, игры имеют разные форматы текстур, поэтому перенести просто не получится. Единственная возможность - двойная перекодировка:
сначала перекодируешь в фотошоповский формат программой Kotor tool. Затем, аналогичной программой для второго КОТОРа перекодируешь текстуру в формат КОТОР2.